저의 알고리즘은 이렇습니다.

1. 데이터 입력
2. 각 좌표의 숫자 카운트
3. 숫자 중 카운트가 1인 값이 결과

알고 스팟 기본 예제는 넣어봤는데 잘나옵니다.
근데 답안 제출하면 오답이라고 나오네요.

import java.util.Scanner;

public class Main {
final static int THREE = 3;
final static int MIN = 1;
final static int MAX = 1000;

public static void main(String[] args) {
    System.out.println("Input testCase");

    Scanner s = new Scanner(System.in);
    int testCase = s.nextInt();

    int[][] coordinateX = new int[testCase][THREE];
    int[][] coordinateY = new int[testCase][THREE];

    for (int i = 0; i < testCase; i++) {
        System.out.println("Input " + i + " coordinate (x y)");

        for (int j = 0; j < THREE; j++) {

            coordinateX[i][j] = s.nextInt();
            coordinateY[i][j] = s.nextInt();
            // space로 구분 됨.

            if ((coordinateX[i][j] <= MIN || coordinateX[i][j] >= MAX)
                    || (coordinateY[i][j] <= MIN || coordinateY[i][j] >= MAX)) {
                System.out.println("input is bad scope");
                return;
            }// 범위

        }// end for j

    }// end for testCase
    calculation(coordinateX, coordinateY, testCase);

}// end main

private static void calculation(int[][] coordinateX, int[][] coordinateY,
        int testCase) {

    for (int i = 0; i < testCase; i++) {

        int[] cntX = new int[2];
        int[] cntY = new int[2];
        int[] resultX = new int[2];
        int[] resultY = new int[2];

        for (int j = 0; j < THREE; j++) {

            if (coordinateX[i][0] == coordinateX[i][j]) {
                cntX[0]++;
                resultX[0] = coordinateX[i][j];
            } else {
                cntX[1]++;
                resultX[1] = coordinateX[i][j];
            }

            if (coordinateY[i][0] == coordinateY[i][j]) {
                cntY[0]++;
                resultY[0] = coordinateY[i][j];
            } else {
                cntY[1]++;
                resultY[1] = coordinateY[i][j];
            }

        }// end for j

        if (cntX[0] == 1) {
            System.out.print(resultX[0] + " ");
        } else {
            System.out.print(resultX[1] + " ");
        }

        if (cntY[0] == 1) {
            System.out.println(resultY[0]);
        } else {
            System.out.println(resultY[1]);
        }

    }// end for testCase

}// end calculation

}